中水系统的水净化过程也很简单，一般有三级。一级阶段，主要是靠格栅将水中体积较大的杂质与水分离。由于生活中，用水量时高时低，所以需要专备个蓄水池调节水量。水中的污染物90%以上是通过二级处理去除的。主要有生物处理法、物理化学法和膜法。所有的处理方式都不需要专门投入人力、物力。
由于中水处理范围多为小区和单独建筑物分散设置类型，在流程选择上不宜过于复杂，宜按下列要求进行：
1、尽量选用定型成套的综合处理设备。这样可以做到简化设计，布置紧凑、节省占地、使用可靠、减少投资。
2、对于中小型规模的中水处理站，不可能配置较多的运行操作人员。为了便于管理和维护，在处理工艺的选择上，宜采用既可靠又简便的流程，以减少运行人员。
3、中水处理设施一般设在人员较为集中的生活区(如居住小区、建筑物内部)，在设置地点的选择上要考虑臭味、噪声等对周围环境的影响。故一般中水处理站多设在地下室、自成独立的建筑物或采用地埋式处理设备。
4、中水处理工程的投资效益是普遍关注的问题。使用不够广泛的主要原因除了节水意识较差以外，主要是初期投资和处理成本较高。因此，原水水源选择，可以根据回用要求，尽量选择杂排水或杂排水，以便简化流程减少一次投资，降低处理成本。另外还要考虑处理后的回用水能够充分利用以避免无效投资。
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